La chiesa è situata nell’omonimo quartiere (parte orientale bassa del paese); il tempio divenne Parrocchia nel XIV secolo; l’arcivescovo di Messina, mons. Manfiolo, nel 1388 le assegnò due cappellani e, per mancanza di monaci, allora la chiesa fu affidata al clero secolare, come si deduce dall’explicit del Messale gotico (scritto nel 1346).
Nel 1511 il card. Isvalios, assegnando 14 cappellani alla Matrice di S. Maria Maggiore, vi incluse i due di San Michele che restava “in comunia unita e connessa con S. Maria”: il suo parroco fece parte del Capitolo della Collegiata sino alla sua soppressione.
La chiesa presenta all`esterno due delle tre absidi rotonde originarie e, esposto a sud, il prospetto principale con l`antica scalinata, i portali d`ingresso e la quattrocentesca torre campanaria a tre piani, con finestre a sesto acuto. La facciata risale al Settecento, allorché fu abbattuto il portico che si apriva sull’ingresso, alla chiesa fu aggiunta un’arcata e la sacrestia venne congiunta al campanile.
L’interno, nonostante i rifacimenti del 1574, conserva l’originaria forma basilicale a tre navate: dieci colonne in pietra bianca, poggiati su alti piedistalli, sorreggono gli archi ogivali a doppio raggio, sui quali poggia il tetto a capriate; gli archi a destra sono a spigoli smussati, quelli a sinistra hanno i bordi a fune attorcigliata e, sull’arco maggiore che chiude la navata di centro, si apre il rosone.
La cupola, al centro del transetto, rende maestosa l’abside rotonda, sul cui catino era affrescato un Cristo Pantocratore, restaurato una prima volta nel 1900 e poi colpevolmente “scrostato” nel 1970 durante un secondo rifacimento.
Nella navata destra sono collocati:
- un quadro raffigurante la Madonna del Rosario e S. Caterina;
- una tela che rappresenta la Madonna e S. Michele davanti al simbolo dell’Eucaristia;
- un dipinto del nicosiano Mirabella (1600) raffigurante S. Francesco d’Assisi e S. Chiara;
- un quadro di S. Isidoro, agricoltore portoghese, dipinto mentre prega invece di arare la terra, nonostante i rimproveri del padrone, con un angelo che lavora al suo posto;
- un altro dipinto raffigura sempre S. Isidoro che, con una lancia, fa sgorgare l’acqua da una roccia.
Nella navata sinistra si osservano invece:
- una statua di Michele Arcangelo (di Stefano Li Volsi) caratterizzata da una lancia in argento e da uno scudo, in cui è incisa la scritta “Quis ut Deus”;
- segue la cappella dedicata alla Madonna di Lourdes, caratterizzata da pareti in pietra e da un cielo stellato come sfondo;
- la statua del santo compatrono di Nicosia, Luca il Casale (di Stefano Li Volsi), con sfumature in oro zecchino, e piedistallo in legno che raffigura tre dei suoi miracoli;
- l’ottocentesca cona di Francesco Saverio e S. Ignazio di Lodola, fondatori dell’ordine dei Gesuiti;
- il quadro dell’Addolorata;
- il quadro di Michele che prega la Madonna, S. Pietro e S. Nicola (del 1828);
- un dipinto del domenicano Pietro martire;
- il fonte battesimale di stile moderno, che sostituisce quello antico, perduto durante i restauri.
- il Crocifisso, di scuola pintorniana (anche se la croce risulta datata e firmata: F[rate] Gio[vanni] B[a]ttis[ta] [da] Mistr[et]ta F[ece] 1665.