In seguito al matrimonio fra Ferdinando I di Sicilia (detto il Cattolico per avere scacciato i Mori dalla Spagna e gli Ebrei dalla Sicilia) e Isabella di Castiglia, venne riunita la corona di Aragona con quella di Castiglia; sotto il loro regno, durante il quale la Spagna diventò la più potente nazione europea, nel 1492 fu finanziata l’impresa di Cristoforo Colombo che portò alla scoperta del nuovo continente, evento che diede inizio alla “Storia Moderna”.
Nel 1516, Carlo V d’Austria veniva coronato a Bruxelles come Imperatore del SRI; tutte le città del regno fecero vistosi donativi, e Nicosia fu fra le prime ad offrire il suo obolo.
Nel 1524, al fine di dare ai commerci ed alla transumanza una sicurezza anche durante l’inverno, si costruì un ponte sul fiume Salso.
Nel Marzo del 1528 la Terra di Nicosia ottenne il privilegio di potersi chiamare Città.
Carlo V, dopo la vittoriosa battaglia di Tunisi del 1535, al ritorno dalla città africana, onorò Nicosia di una sua visita, fu ospitato nel palazzo del milite regio Filippo La Via e tenne parlamento assiso su una sedia in legno finemente scolpita, sormontata dall`aquila bicipite, che ancora oggi si conserva nella basilica di Santa Maria Maggiore. L’8 Giugno 1561, il frate nicosiano Giancarlo Cianciardo (fra Cornelio) accusato dai suoi concittadini, per ben due volte, di professare idee luterane, fu arso vivo alla “boccerìa vecchia” di Palermo.
Nel 1583 il territorio isolano venne diviso in Comarche, entità territoriali costituite da una città demaniale capocomarca a cui facevano capo alcune città feudali che ricadevano nella loro giurisdizione. Nicosia venne inserita fra le città capocomarca.
Con la morte di Carlo II avvenuta l’1 Novembre 1700, si chiudeva la dominazione della casa austriaca regnante in Spagna e nelle "utriusque Siciliae" fin dal 1516; : la successione fu travagliata e complessa, determinando prima la cessione della Sicilia ad Vittorio Amedeo II nel 1713 (pace di Utrecht), poi a Carlo VI d`Austria (pace dell`Aia del 1720), nel luglio del 1734 a Carlo III (figlio di Filippo V) ed infine nel 1759 a Ferdinando IV di Borbone.
Nel 1757, per le incessanti piogge che si abbatterono sulla città, un terribile avallamento (“a lavanca”) interessò prima la contrada di s. Luca Casale e poco tempo dopo la chiesa di Santa Maria Maggiore, la parrocchia di Santa Croce, le chiese dei SS. Giacomo, Martino, Giuliano, Rocco e Margherita.
Ma Nicosia reagì con vitalità: nel 1767 viene intrapresa la ricostruzione della chiesa di S. Maria Maggiore e venne ripristinata la Colonna Frumentaria (o Peculio) in magazzini e grotte dell`attuale largo Peculio (da cui il nome della zona e della via).
Negli ultimi decenni del secolo viene fondata l`Accademia arcadica detta Simetina (ne fanno parte il poeta Gioacchino Nicosia e il canonico Salvatore Gentile).
In questo secolo venivano delineate nuove vie, regolati gli sbocchi nelle strade di campagna, costruiti ponti sui fiumi; e si ha una notevole espansione urbanistica con la costruzione di grandi palazzi baroccheggianti o neoclassici, con l`ampliamento e l`abbellimento di conventi e chiese, con la costruzione di ville nobiliari in campagna.
